Европейската прокуратура функционира като напълно независима единна служба във всички участващи държави от ЕС (т.нар. „зона на Европейската прокуратура“) и съчетава европейски и национални усилия в областта на правоприлагането. Административната организация на Европейската прокуратура беше завършена и оперативната фаза започна на 1 юни 2021 г.
Европейската прокуратура се състои от две равнища: централното равнище и децентрализираното (националното) равнище. По-долу е поместена диаграма, последвана от описание на нейната организационна структура.
Централна служба
Централното равнище на Европейската прокуратура, чието централно управление се намира в Люксембург, се състои от: европейския главен прокурор, 22 европейски прокурори (по един от всяка участваща държава от ЕС), двама от които функционират като заместници на европейския главен прокурор (понастоящем това са европейските прокурори от Германия и Италия), и административния директор. Колегията на Европейската прокуратура е съставена от европейския главен прокурор и 22-мата европейски прокурори.
Европейските прокурори и административният директор се подпомагат в работата си от редица експерти в области, включващи административна, техническа, оперативна и правно-техническа подкрепа.
Служби в участващите държави членки
Децентрализираното равнище на Европейската прокуратура се състои от европейските делегирани прокурори (ЕДП) в 22-те участващи държави — членки на ЕС. Централното равнище упражнява надзор върху дейностите по разследване и наказателно преследване, осъществявани от европейските делегирани прокурори на национално равнище, които работят при пълна независимост от съответните си национални органи.
Съдебен контрол от националните съдилища
Процесуалните актове на Европейската прокуратура са обект на съдебен контрол от националните съдилища. Посредством преюдициални заключения и съдебен контрол на актовете на Европейската прокуратура Съдът на Европейския съюз има запазено правомощие да гарантира съгласувано прилагане на правото на ЕС.
Организационна структура на Европейската прокуратура
Организационната структура на Европейската прокуратура и нейната централна служба в Люксембург са обяснени по-подробно в допълнителна графика по-долу.
